酶抑制剂代表了分离粗匀浆中特定酶活性的强大工具（例如，蛋白酶; Berges和Falkowski，1996），验证测定方法并确定是否存在替代的代谢途径。它们还可以提供一种手段来区分执行相同反应的不同分类单元的角色。例如，蓝细菌同化硝酸盐还原酶与真核生物形式截然不同，因此，使用精心选择的抑制剂可以区分两组对总硝酸盐同化的相对贡献。已知的特异性抑制剂很少（例如，硝酸盐还原酶的钒酸盐，GS的蛋氨酸亚砜亚胺[MSX]，谷氨酸合酶的氮杂嘌呤），因此其使用受到限制。
      为了有效使用，需要了解酶抑制剂发挥作用的机制。例如，竞争性抑制剂与生理底物竞争结合位点。它们的作用取决于底物和抑制剂的相对浓度，抑制的程度取决于抑制剂相对于代谢底物占据的活性位点的数量。相反，非竞争性抑制剂与酶的除底物结合位点以外的部分结合，因此酶抑制程度仅取决于抑制剂，而不取决于底物浓度。这种类型的抑制作用通常是不可逆的，并减少了可用于催化特定反应的总酶量。当抑制剂与酶-底物复合物结合并阻止反应被催化时，就会发生非竞争性抑制。
       也有影响酶合成的抑制剂。转录抑制剂（例如二溴胸腺醌[DBMIB]）和翻译抑制剂（例如环己酰亚胺[CHX]）是可用的，但是它们并不特定于特定的酶。此外，由于蛋白质合成发生在真核生物的叶绿体和线粒体内，因此可能需要原核蛋白合成抑制剂（例如氯霉素[CAP]）来区分原核和真核活性（例如Segovia和Berges，2005年）。
抑制剂|信号通路|代谢酶/蛋白酶|Metabolic Enzyme/Protease