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琼脂糖凝胶回收DNA的常用方法

Release Time:2022-09-30

一、琼脂糖凝胶回收DNA的常用方法
1. 透析袋法
使用透析袋提取琼脂糖凝胶是一种电洗脱过程。它涉及通过施加电流洗脱 DNA。原理是电场导致 DNA 条带迁移出凝胶。 DNA 片段将被捕获到透析膜中。首先,您需要将凝胶片在 -20°C 下冷冻 30 分钟,以便于处理。
实验的步骤
※ 将5cm的透析袋剪开,开水活化10分钟。激活后,用蒸馏水内外冲洗,然后用 0.5 × TBE 缓冲液冲洗。用透析夹密封透析袋的一端,并将冷冻凝胶插入管内。
※ 加入 200-400 µl,0.5 × TBE 缓冲液,并用第二个透析管密封管的另一端。之后,将透析袋浸入装有电泳缓冲液的电泳槽中。DNA 条带应与电极平行并施加 5 V/cm 或 100 V 的电场。
※  可以使用紫外灯跟踪 DNA 迁移。 DNA 从凝胶中迁移出来需要 10-15 分钟。迁移的 DNA 将向正端粘附在透析膜上。它会留在里面,但不会移出透析袋。
※  轻轻反转电流方向,将 DNA 从透析膜上敲下来。之后,从管中收集缓冲液并使用苯酚/氯仿提取和乙醇沉淀提取 DNA。将沉淀的 DNA 溶解在适当体积 (10 µl) 的 TE 缓冲液或水中。
※  DNA 沉淀量很小,可能看不到。最终纯化的样品可以很容易地用于下游应用。虽然这似乎是一个简单的过程,但使用透析袋提取琼脂糖凝胶并不是那么容易的协议。该方案比较耗时,且仍然涉及苯酚/氯仿萃取,然后是乙醇沉淀。
2. DEAE-纤维膜片法
※ 使用 DEAE 纤维素膜进行琼脂糖凝胶提取是电洗脱和旋转柱的组合。在此过程中,使用手术刀片在所需 DNA 片段带的正下方制作一个狭缝。但不要取下带子,只需在它下面开一个口子。之后,剪下一小块尺寸为 3 mm x 10 mm(与狭缝尺寸相同)的 DEAE 纤维素纸。
※ 将纸插入狭缝中,然后将凝胶返回到电泳槽中。运行电泳 2-5 分钟。在电泳过程中,DNA 会迁移出条带并粘附在滤纸上。使用离心柱将 DNA 从纸条中洗脱出来。在此过程中可以使用紫外灯,以确保 DNA 已粘附在纸上。用针从内向外在 500 µl 微量离心管底部的中心创建一个小孔。
3.  DEAE-纤维素膜电泳
从凝胶中取出膜并将其(DNA 面朝下)放入 500 µl 微量离心管中。将 500 µl 试管放入 1.5 ml 离心管中。在 500 µl 试管中加入 100 µl TE 缓冲液,并以 5,000-10,000 rpm 的转速旋转试管 30 秒。离心后,DNA 将被洗脱到收集管 (1.5 ml) 中。继续进行苯酚/氯仿提取协议,然后进行乙醇沉淀。这些后续步骤浓缩回收的 DNA,DNA 样品可以重新悬浮在约 10 µl 的 TE 缓冲液中。
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