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溴化乙锭染色

Release Time:2022-09-23

溴化乙锭简介:
       溴化乙锭(1239-45-8,Ethidium bromide,EB)简称EB,是用于凝胶中DNA和RNA检测的最常用染料。溴化乙锭是一种DNA嵌入剂,可将自身插入双螺旋的碱基对之间。溴化乙锭在300和360nm处具有最大的UV吸收,在590nm处具有最大的发射红橙信号。溴化乙锭(EB)也是一种嵌入药物,已显示可阻止雌激素受体(R)与DNA的体外相互作用。
       溴化乙锭是一种敏感、易染色的 DNA。它产生低背景和 1-5 ng/band 的检测限。溴化乙锭的主要缺点是它是一种有效的诱变剂。解决方案必须极其谨慎地处理,并在处置前进行净化。尽管如此,溴化乙锭染色的敏感性、简单性(如果需要,染料可以在凝胶中与 DNA 一起运行,消除了单独的染色/脱色过程)和非破坏性特性,使其成为双链 DNA 的标准染色剂。
      重要的是要注意,天然 DNA 的双链结构强烈增强了乙锭染色。变性、ssDNA 或 RNA 的染色相对不敏感,需要大约 10 倍的核酸才能进行等效检测。另一个限制是乙锭的荧光被聚丙烯酰胺淬灭,在 PAGE 凝胶中灵敏度降低了 10-20 倍。

使用溴化乙锭检测 DNA/RNA
注意:溴化乙锭是一种强诱变剂,只能使用手套和适当的预防措施进行处理。
方法 I - 在凝胶和缓冲液中加入溴化乙锭
※ 凝胶制备
-- 根据制备琼脂糖凝胶的标准方案将琼脂糖溶解在缓冲液中。
-- 让凝胶冷却至 60-70°C。
-- 添加 EtBr 至 0.5 µg/ml 最终浓度。 (原液一般为 10 mg/ml,需要 5μl 原液/100ml 凝胶)。
-- 倒入凝胶并照常放置。
※ 缓冲液准备
-- 准备足够的缓冲液(TBE 或 TAE)来填充设备。
-- 添加 5µl/100ml EtBr 原液。
※ 运行凝胶
运行完成后,将凝胶置于 UV 灯箱上的保鲜膜中。在微弱的橙色背景上,条带将显示为亮橙色。
这种方法将检测大约 5ng 的 DNA。可能需要在水中或 1 mM MgSO4 中脱色以达到完全灵敏度。
作为替代方案,乙锭可以包含在凝胶中,但不包含在缓冲液中。乙锭带正电荷,会从 DNA 向相反的方向迁移。通常,即使在 DNA 凝胶的阴极端,仍有足够的乙锭与 DNA 结合。这种凝胶将具有高背景区域,其中乙锭尚未迁移出凝胶。然而,它们足以满足多种用途,并且不会产生那么多的乙锭废物(您的安全办公室会知道什么水平的乙锭会导致缓冲液被宣布为危险品)。
二、方法 II - 运行后染色
※ 在水或缓冲液中准备足够的 0.5µg/ml EtBr 以完全浸没凝胶。该溶液在室温下避光保存 1-2 个月。
※ 运行后将凝胶浸入染色溶液中 15-30 分钟(取决于凝胶厚度)。
※ 将凝胶放在 UV 灯箱上的保鲜膜上,并在 300nm 照明下观察。条带将在淡橙色背景上显示为亮橙色。
【注意事项】:
※ 该方法最大限度地减少了每次凝胶运行产生的溴化乙锭废物量。
※ 灵敏度与方法 I 相同,可能需要在水中或 1mM MgSO4 中脱色以达到最佳灵敏度。
※ 在这种方法中,随着染料扩散到基质中,从凝胶的顶部和底部可以看到条带。通过浸泡凝胶直到条带的顶部和底部出现,然后将凝胶从染色溶液中取出 15-30 分钟,通常可以在不脱色的情况下获得高对比度结果。在此期间,染色剂将继续扩散到凝胶中,以牺牲游离染料为代价与 DNA 结合。结果是没有脱色的较低背景。
※ 始终在乙锭染色凝胶下使用保鲜膜,以避免阳光照射损坏透照器表面。
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